抗疫期間，他率領(lǐng)南昌大學(xué)二附院抗擊新冠肺炎援助湖北國家醫(yī)療隊137名隊員抵達(dá)武漢投身一線救治工作，先后轉(zhuǎn)戰(zhàn)整建制接管武漢協(xié)和醫(yī)院腫瘤中心第15重癥病區(qū)和武漢大學(xué)人民醫(yī)院東院區(qū)整建制接管第25重癥病區(qū)，全力救治病人，達(dá)到“病人零死亡、出院病人零返院、醫(yī)護人員零感染”的“三零”目標(biāo)。

　　掛帥出征，一線戰(zhàn)斗。2月12日晚，他帶領(lǐng)醫(yī)院137名醫(yī)務(wù)人員出征武漢。進(jìn)駐武漢后，徐建軍立刻進(jìn)入工作節(jié)奏，組建了堅強有力的臨時黨支部。先后召開了3次支委會，對診治區(qū)域劃分、防護流程、診療規(guī)范、收治制度、人員組織等各項工作做出周密部署。在他的帶領(lǐng)和統(tǒng)籌布置下，確立了“防治并重”的醫(yī)療宗旨，制定了業(yè)務(wù)培訓(xùn)計劃、相應(yīng)的診治制度、每日醫(yī)護組長聯(lián)席會議制度、每周大查房制度、建立醫(yī)療質(zhì)控體系和規(guī)范的醫(yī)務(wù)管理，從制度上保障醫(yī)療質(zhì)量。由于治療方案有效，所接管的病區(qū)內(nèi)多位重型患者已成功轉(zhuǎn)為普通型和輕型，治療成效顯著。其中來自二附院的一項專利技術(shù)-簡易呼吸器，應(yīng)用于新冠肺炎需要氧療的患者，取得了非常的療效。

　　以身作則，凝聚合力。在徐建軍帶領(lǐng)下，醫(yī)療隊全員均以高度重視的使命感全身心投入，徐建軍為了及時做好各項組織協(xié)調(diào)工作，更是每天睡眠時間不超過四小時。在武漢一線，為保障隊員補給，隊長徐建軍也親自出馬，主動與駐地政府部門及受援醫(yī)院對接，協(xié)調(diào)防護物資和生活物資的供應(yīng)，保障了醫(yī)療隊防護物資的及時到位。設(shè)置了“外援天使愛心超市” ，滿足一線隊員生活需求。