發(fā)布時間:2020-02-13 13:22 | 來源:光明日報 2020年02月13日 15版 | 查看:475次
醫(yī)生在采樣。新華社發(fā)
醫(yī)護人員在工作。新華社發(fā)
新型冠狀病毒(2019-nCoV)引發(fā)的疫情引起了全國乃至全世界人民的關(guān)注。其中,有一個問題引發(fā)了廣泛討論:為什么確診人數(shù)在2020年1月18日之后出現(xiàn)了爆發(fā)性增長?中國為什么能快速檢測新冠病毒?
作為生物檢測技術(shù)的研究者,筆者希望借此機會跟大家探討一下,如何診斷一個新發(fā)病原體,如何快速檢測新冠病毒。
核酸檢測需要多久
1月9日,本次不明原因的病毒性肺炎病例的病原體初步判定為“新型冠狀病毒”,能否快速,準確地檢測到它,成為防控的關(guān)鍵。
在特異性的診斷方法出現(xiàn)之前,只能根據(jù)患者體征找到一些疑似病例。很不幸的是,這次的新型冠狀病毒肺炎癥狀上特異性不強。與SARS相比,此次肺炎起病并不很急,有些患者甚至沒有出現(xiàn)高燒。在這個流感橫行的季節(jié),單靠病人體征這種太過粗糙的方法區(qū)分新型冠狀病毒感染者是非常困難的事。
1月16日,首批針對新型冠狀病毒生產(chǎn)的PCR試劑盒下發(fā)到各省級疾控中心,這是近幾日出現(xiàn)確診病例數(shù)量快速增長的直接原因。
冠狀病毒檢測PCR試劑盒的工作原理大致是:通過提取病人樣本中的RNA,進行反轉(zhuǎn)錄·聚合酶鏈反應(yīng)(RT-PCR),通過擴增反應(yīng)將樣本中微量的病毒信息加以放大,最后以熒光的方式讀取信號。如果PCR之后信號為陽性,那么就可以說樣本中存在病毒(已經(jīng)感染),反之則說明沒有感染。
一次檢測需要多長時間
初期大約需要16小時(本文數(shù)據(jù)根據(jù)常規(guī)的實驗室操作時間推測,不代表實際用時)。
引發(fā)本次肺炎的新型冠狀病毒,和它的近親SARS,MERS一樣,遺傳信息都是由單鏈RNA構(gòu)成。想要完成對它的檢測,至少需要經(jīng)過提取病毒RNA,和逆轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)兩步。提取病毒RNA本身也包含裂解樣本,提純RNA等多個工序,需要花費數(shù)小時。而RT-PCR,一般來說也需要至少三四個小時才能完成。整套工序流水線操作的話,總共大概需要一個工作日,即6-8小時左右,檢測結(jié)果都需要經(jīng)過復(fù)核,重復(fù)實驗則需要花費雙倍的時間。
這樣算下來,從1月16日湖北省收到國家疾控中心下發(fā)的試劑盒到1月18日通報第一批檢測結(jié)果,負責檢測病毒的工作部門可以說是馬不停蹄了。在此基礎(chǔ)上,目前有機構(gòu)開發(fā)出了簡化版的試劑盒,可將單次檢測的時間縮短到約3小時。
怎么研發(fā)生產(chǎn)試劑盒
有的朋友可能還有疑問,從發(fā)現(xiàn)第一例患者到試劑盒下發(fā),中間經(jīng)過了一個月左右,研發(fā)生產(chǎn)試劑盒為什么需要這么久?
其實,已經(jīng)很快了,我們來捋一捋試劑盒的開發(fā)流程:
病原分離和排查:此次導(dǎo)致疫情的病原是一種全新的冠狀病毒。在確認這是一種從沒有見過的病原之前,需要排除掉所有已知病原:包括各類流感病毒(甲型流感、禽流感等),容易導(dǎo)致普通感冒的腺病毒,鼻病毒和已知能導(dǎo)致肺炎的冠狀病毒(SARS、MERS),衣原體,支原體等等。
設(shè)計引物:這是非常關(guān)鍵的一步,只有設(shè)計出適當?shù)囊铮拍苓M行病毒檢測的PCR反應(yīng)??茖W(xué)家需要對這個新找到的病毒進行全基因組測序和生物信息學(xué)分析,設(shè)計引物(就是一段DNA序列),驗證它的特異性,敏感性,確保它只能識別新型冠狀病毒基因。
工業(yè)化生產(chǎn):可以說,除了引物,所有病毒核酸檢測試劑盒中的其他組分都是一樣的,所以大量合成適當?shù)囊锞褪枪I(yè)化生產(chǎn)試劑盒的關(guān)鍵。
病原分離和排查需要花費至少一周的時間,測序和生物信息學(xué)分析也需要三天左右。探針設(shè)計與特異性檢查又需要兩三天。也就是說,在一切都非常順利的情況下,也需要將近兩周的時間才能把設(shè)計好的引物投入工業(yè)化生產(chǎn)。目前,我國工業(yè)化DNA合成技術(shù)已經(jīng)推廣得非常普遍,一兩天的時間足可以生產(chǎn)出大量的產(chǎn)品(有些小劑量定制產(chǎn)品甚至可以當日送達)。綜合各方面信息來看,這次疫情,我國最起碼在檢測手段的開發(fā)上做到了近乎完美的快速響應(yīng)。
除了核酸檢測,蛋白檢測也在路上
除了目前衛(wèi)生系統(tǒng)所采用的核酸檢測方法以外,基于病毒蛋白的檢測技術(shù)也可以在病原的快速檢測上起到很大作用。
在DNA/RNA攜帶的遺傳信息之外,病毒的蛋白外殼同樣也攜帶了大量涉及病毒結(jié)構(gòu)與致病機理的信息,同樣可以確定病人是否感染了病毒,以及是否對病毒有免疫能力。
核酸檢測依賴的是引物,病毒蛋白的檢測主要依賴抗體。只要找到了親和力足夠高,特異性足夠好的抗體,就可以省去提取病毒RNA的繁瑣步驟,直接用發(fā)病期患者的血清或痰液進行蛋白免疫分析(一般是酶聯(lián)免疫吸附分析,ELISA),在3-5小時內(nèi)得到結(jié)果。如果采用基于微流控平臺的新一代免疫反應(yīng)器,甚至可以在保證檢測靈敏度的情況下,把總檢測時間縮短到30分鐘之內(nèi),真正做到即時診斷。說一句題外話,筆者長期致力于新型微流生物傳感器的開發(fā),衷心希望這類新技術(shù)能在此次疫情中能起到應(yīng)有的作用,造福于國家和人民。
基于蛋白的病毒檢測開發(fā)難點在于抗體篩選生產(chǎn)。實驗用抗體的生產(chǎn)高度依賴動物(一般由鼠、兔、羊等動物生產(chǎn))。注射抗原后數(shù)日,還需要對動物的免疫細胞進行篩查,找到能用來生產(chǎn)高特異性抗體的淋巴細胞,對其進行擴增。即便是全速開動,也需要2-3周的時間才能得到初步可用的單克隆抗體。相比基于RNA的PCR試劑盒,蛋白檢測試劑盒所需的開發(fā)時間要更長,生產(chǎn)成本要更高。
在2003年的非典疫情中,軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院,中科院北京基因組所,華大基因等單位都開發(fā)出了可以檢測SARS病毒本身,或患者對病毒免疫反應(yīng)的ELISA試劑盒。從這次疫情的反應(yīng)速度上看,預(yù)計近期第一批針對新型冠狀病毒的蛋白檢測試劑盒就將出爐,希望它們能對新型冠狀病毒肺炎的診斷起到較大的積極作用。
?。ㄗ髡撸鹤T璞,單位:密歇根大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程系)
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